Происхождение логотипа университета отражает историю разочарования и духовного прогресса Нанькая. В 1917 году Тяньцзинь пострадал от разрушительного наводнения. В середине сентября Южный канал прорвал плотину и затопил город, и Нанькайская школа не обошлась стороной. Под руководством исполняющего обязанности ректора Чжан Пэнчуня и совместными усилиями всего преподавательского состава и персонала учебного заведения, она была сначала передана Молодежной ассоциации Дон Малу, а затем Хэбэйскому университету политики и права. Чжан Пэнчунь выступил с речью на церемонии открытия университета в том году: Студенты живут в духовном мире, а не в университете. Мой дух преподавателя и студента всегда будет здесь. Утопленные в доме не могут помешать мне двигаться вперед!. Дух преподавателей и студентов очень поощряется. В трудные времена интернатной системы и учебного периода студенты Нанькая носят на груди временные значки из фиолетовой и белой бумаги, всегда напоминая себе, что нанькайцы должны оттачивать свою волю, заниматься самосовершенствованием и развивать дух Нанькая. Позже нанкайские преподаватели и студенты вернулись в университет только в июле следующего года. После этого каждый год 23 сентября, университет проводит в ресторане мероприятие в память о наводнении. Все студенты сидят за столом и пьют кашу в память этого события. На них были одеты фиолетовые и белые карточки с надписью Нанькай. Это предложение такое же, как и в том году, но к следующей строке добавлены слова, написанные мелким шрифтом: 

Ранний логотип  Нанькайского университета 

Ранний логотип  Нанькайского университета 

17 октября 2004 года Нанькайский университет официально представил логотип в ознаменование 100-летия основания Нанькайского университета. Новый университетский логотип представляет собой двойной круг с восьмиугольной звездой, в середине которой написаны иероглифы Нанькай шрифтом в виде печатного письма. Данный символ окружен звездным узором. Верхняя часть внутреннего кольца - Нанькайский университет, а нижняя - 1919, год основания Нанькайского университета. 

Логотип, использовавшийсь до 17 октября 2004 года 

Логотип, использовавшийсь после 17 октября 2004 года 

Основным изображением логотипа Нанькайского университета является восьмилучевая звезда, образованная наложением двух квадратов. Все эти восемь углов являются прямыми углами, указывающими на  восток, запад, юг, север, юго-восток, северо-восток, юго-запад и северо-запад. Во-первых, она воплощает в себе концепцию быть честным. Во-вторых, отражает дух Нанькайского университета: всесторонняя направленность, широта души, обширные знания и целеустремленность . Взаимодействие между восьмиугольной звездой и внешним кругом и интеграция восточной и западной культур отражают философию Нанькайского университета: единство знаний и действий, стремление к превосходству, преданность общественному благу и всестороннее развитие.